基于无偏分子动力学模拟的发光淀粉样蛋白生物标志物结合位点
化学物理
2018-08-24 v1 生物物理
生物大分子
摘要
通过无偏分子动力学模拟，我们确定了一个五聚体寡噻吩与淀粉样蛋白-(1-42)纤维相互作用的非常稳定的结合位点。在该位点中，由于探针的阴离子羧基与赖氨酸侧链中的阳离子 -氨基之间的相互作用，探针被锁定在全反式构象中，其库仑结合能为 1,200 kJ/mol。结合后，构象受限的探针显示出分子平面性的显著增强。这与所观察到的发光性质变化一致，而该变化正是其用作生物标志物的基础。
引用
@article{arxiv.1808.07552,
title = {Binding Sites for Luminescent Amyloid Biomarkers from non-Biased Molecular Dynamics Simulations},
author = {Carolin König and Robin Skånberg and Ingrid Hotz and Anders Ynnerman and Patrick Norman and Mathieu Linares},
journal= {arXiv preprint arXiv:1808.07552},
year = {2018}
}
备注
not peer-reviewed pre-print