突变型秀丽隐杆线虫胚胎中异常 ADS 的贝叶斯检测
定量方法
2018-03-14 v1 应用统计
摘要
细胞分裂时机在胚胎发生过程中对细胞命运决定与形态发生至关重要。发育中细胞间分裂时机如何被调控尚不清楚。本文关注秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans）野生型与突变体个体间姐妹细胞分裂异步性（ADS）的比较。由于每个突变基因的突变体重复数（通常为一）远小于野生型，直接比较野生型与突变型 ADS 的两种分布（如 Kolmogorov-Smirnov 检验）不可行。另一方面，我们发现野生型中 ADS 有时与对应母细胞寿命相关。因此，我们应用半参数贝叶斯分位数回归方法估计野生型个体母细胞寿命对应的 ADS 的 95% 置信区间曲线，再将位于对应置信区间之外的突变型 ADS 以 0.05 显著性水平筛选为异常。模拟研究证明了方法的准确性，基因富集分析验证了真实数据集的结果。
引用
@article{arxiv.1803.04640,
title = {Bayesian Detection of Abnormal ADS in Mutant Caenorhabditis elegans Embryos},
author = {Wei Liang and Yuxiao Yang and Yusi Fang and Zhongying Zhao and Jie Hu},
journal= {arXiv preprint arXiv:1803.04640},
year = {2018}
}