一种面向完成秀丽隐杆线虫发育 4D 图谱的半自动细胞追踪流程
计算机视觉与模式识别
2022-08-03 v2
摘要
线虫 Caenorhabditis elegans（C. elegans）被用作模式生物，以更好地理解发育生物学与神经生物学。C. elegans 具有不变的细胞谱系，已利用荧光显微图像对其进行编录与观测。然而，在发育后期追踪细胞的既有方法一旦开始偶发性肌肉抽搐便无法泛化。我们基于以皮肤细胞作为基准标记物从而在随机抽搐下开展细胞追踪的方法学进行构建。具体而言，我们提出了一种细胞核分割与追踪流程，其被集成至一个 3D 渲染 GUI 中，以提升发育后期跨时段细胞追踪的效率。在描绘上述肌肉细胞核的三个测试胚胎图像上的结果表明，基准标记物结合经典追踪范式可克服偶发性抽搐。
引用
@article{arxiv.2207.13611,
title = {A Semi-automatic Cell Tracking Process Towards Completing the 4D Atlas of C. elegans Development},
author = {Andrew Lauziere and Ryan Christensen and Hari Shroff},
journal= {arXiv preprint arXiv:2207.13611},
year = {2022}
}