秀丽隐杆线虫胚胎中基因表达起始的贝叶斯检测
应用统计
2015-09-17 v1
摘要
为了研究受精卵如何发育成具有不同组织的胚胎，实验生物学家近期制作了秀丽隐杆线虫（C. elegans）胚胎的大规模 4D 共聚焦显微影像。然而，针对高度含噪数据缺乏有原则的统计方法，阻碍了对这些数据集的全面分析。我们在细胞谱系树上引入了一个概率变点模型，以估计胚胎基因表达的起始时间。使用贝叶斯方法将 4D 共聚焦影像数据拟合到该模型中。随后使用分类方法来确定模型选择阈值，并进一步将表达起始时间从分支级别细化到特定细胞时间级别。广泛的模拟表明我们的方法具有很高的准确性。其在真实数据上的应用产生了先前已知的结果和新发现。
关键词
引用
@article{arxiv.1509.04872,
title = {Bayesian detection of embryonic gene expression onset in C. elegans},
author = {Jie Hu and Zhongying Zhao and Hari Krishna Yalamanchili and Junwen Wang and Kenny Ye and Xiaodan Fan},
journal= {arXiv preprint arXiv:1509.04872},
year = {2015}
}
备注
Published at http://dx.doi.org/10.1214/15-AOAS820 in the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)