G-JF离散时间恒温器在快速准确分子模拟中的应用
材料科学
2013-12-17 v3 软凝聚态物质
计算物理
摘要
一种新的Langevin-Verlet恒温器，它保持了离散时间步长的涨落-耗散关系，被应用于分子建模，并以一个小分子为例，在三个流行软件包（AMBER、GROMACS、LAMMPS）中进行了测试。与现有方法相反，当时间步长在整个数值稳定范围内变化时，新恒温器的采样统计没有可检测的变化。该方法具有简单的形式，我们以三种常见形式（显式速度、Stormer-Verlet和蛙跳）表达，便于在现有分子模拟包中实现，无需额外计算时间或编程复杂度即可获得更快更准确的结果。
引用
@article{arxiv.1303.7011,
title = {Application of the G-JF Discrete-Time Thermostat for Fast and Accurate Molecular Simulations},
author = {Niels Grønbech-Jensen and Natha Robert Hayre and Oded Farago},
journal= {arXiv preprint arXiv:1303.7011},
year = {2013}
}
备注
Five pages, one figure. Version accepted for publication. Previous title: A new Langevin thermostat for fast and accurate molecular simulations