一种用于多组织联合 eQTL 分析的统计框架
定量方法
2013-08-12 v1 基因组学
应用统计
摘要
定位表达数量性状位点（eQTLs）是一种强大且被广泛采用的方法，用于识别推定的调控变异并将其与特定基因联系起来。迄今为止，eQTL 研究主要在相对有限的组织或细胞类型中进行。然而，理解生物体表型的生物学机制将涉及理解多种组织中的调控，并且正在进行的研究正在数十种细胞类型中收集 eQTL 数据。在此，我们提出一个统计框架，用于在多组织或细胞类型（或更一般地，多个亚组）中高效检测 eQTL。该框架明确建模了每个 eQTL 在某些组织中活跃而在其他组织中不活跃的可能性。通过对组织间活跃 eQTL 的共享性进行建模，与分别检查每个组织的“逐组织”分析相比，该框架提高了检测在多个组织中存在的 eQTL 的统计效力。反之，通过对 eQTL 在某些组织中的不活跃性进行建模，该框架允许将不同组织间共享的 eQTL 比例作为模型参数进行正式估计，从而解决了在比较逐组织分析所识别的 eQTL 重叠时难以考虑不完全统计效力的问题。应用我们的框架重新分析来自转化 B 细胞、T 细胞和成纤维细胞的数据，我们发现与逐组织分析相比，它显著提高了统计效力，识别出多 63% 的具有 eQTL 的基因（在 FDR=0.05 水平下）。此外，结果表明，与之前对相同数据的分析相反，这些数据中可检测到的大多数 eQTL 在所有三种组织中是共享的。
引用
@article{arxiv.1212.4786,
title = {A statistical framework for joint eQTL analysis in multiple tissues},
author = {Timothée Flutre and Xiaoquan Wen and Jonathan Pritchard and Matthew Stephens},
journal= {arXiv preprint arXiv:1212.4786},
year = {2013}
}
备注
Summitted to PLoS Genetics