HT-eQTL：大量人类组织中的整合表达数量性状位点分析
应用统计
2017-09-08 v3
摘要
表达数量性状位点(eQTL)分析用于识别与基因表达相关的遗传标记。大多数现有的 eQTL 分析和方法研究在单一易获取组织（如血液）中的关联。多组织 eQTL 的联合分析有潜力改进并扩展单组织分析的范围。诸如基因型-组织表达(GTEx)计划等大规模协作努力目前正在大量组织中生成高质量数据。然而，计算限制制约了全基因组多组织 eQTL 分析。我们开发了一种基于层次贝叶斯框架的整合方法，用于大量组织中的 eQTL 分析。模型拟合过程具有高度可扩展性，且计算时间是组织数量的多项式函数。多组织 eQTL 通过局部错误发现率方法进行识别，该方法严格控制系统错误发现率。利用模拟和 GTEx 真实数据研究，我们表明所提方法在计算时间和 eQTL 发现功效方面优于现有方法。我们提供了一种用于大量组织中 eQTL 分析的可扩展方法。该方法能够识别具有不同配置的 eQTL，并促进组织特异性的表征。
引用
@article{arxiv.1701.05426,
title = {HT-eQTL: Integrative Expression Quantitative Trait Loci Analysis in a Large Number of Human Tissues},
author = {Gen Li and Dereje D. Jima and Fred A. Wright and Andrew B. Nobel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1701.05426},
year = {2017}
}