指数富集配体顺序进化(SELEX)数据的模型
应用统计
2012-09-28 v2 基因组学
摘要
指数富集配体系统进化(SELEX)实验从第一轮开始，使用与靶标处于平衡溶液中的随机寡核苷酸库。经过几轮筛选，选择出对靶标具有高亲和力的寡核苷酸。高通量SELEX实验的数据由每轮采样后得到的数千个寡核苷酸列表组成。迄今为止，SELEX实验在识别最高亲和力寡核苷酸方面非常成功，但对低亲和力识别位点变体的建模一直很困难。此外，在分析SELEX数据之前，总是需要进行比对步骤。我们提出了一种基于SELEX生化参数化的新模型，该模型允许我们利用所有轮次的数据来估计寡核苷酸的亲和力。最值得注意的是，我们的模型还能自动比对寡核苷酸。我们使用该模型分析了一个包含双链DNA寡核苷酸和靶标转录因子Bicoid的SELEX实验。根据体内ChIP-chip实验的结果，我们的SELEX模型在预测Bicoid的假定结合位点方面优于其他已发表的方法。
引用
@article{arxiv.1205.1819,
title = {A model for sequential evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) data},
author = {Juli Atherton and Nathan Boley and Ben Brown and Nobuo Ogawa and Stuart M. Davidson and Michael B. Eisen and Mark D. Biggin and Peter Bickel},
journal= {arXiv preprint arXiv:1205.1819},
year = {2012}
}
备注
Published in at http://dx.doi.org/10.1214/12-AOAS537 the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)