控制适配体选择中的不确定性
生物物理
2016-12-30 v1 种群与进化
摘要
寻找针对蛋白质、小分子或癌细胞等靶标的高亲和力适配体仍然是一项艰巨的任务。指数富集配体系统进化技术提供了一种迭代过程，通过从高度多样化的随机库中对高亲和力候选物进行进化选择来发现这些适配体。这种随机性决定了由结合亲和力编码的、针对 SELEX 靶标的适应度参数的未知种群分布。加剧这种不确定性的是，在相同条件下重复 SELEX 可能会导致不同的结果。这些不确定性在调节选择压力以分离高亲和力配体时构成了挑战。在此，我们提出了一种新颖的随机混合模型来描述适配体的进化选择，以探索这些未知因素的影响。令我们惊讶的是，我们发现即使在数十亿规模的库中，单拷贝的高亲和力配体也能强烈影响种群动态，然而它们的存活高度依赖于偶然性。我们执行 Monte Carlo 模拟以探索环境参数（如靶标浓度）对 SELEX 选择效率的影响，并确定了控制这些不确定性的新策略，以最终改善这一耗时且耗资源的过程的结果和速度。
引用
@article{arxiv.1612.08995,
title = {Controlling uncertainty in aptamer selection},
author = {Fabian Spill and Zohar B. Weinstein and Atena Irani Shemirani and Nga Ho and Darash Desai and Muhammad H. Zaman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1612.08995},
year = {2016}
}
备注
6 pages, 8 figures, supporting information on the journal webpage