通过受控构象探索重塑生物分子结构预测：HelixFold-S1
生物大分子
2025-10-21 v2
摘要
大规模生成候选构象ensemble是提高生物分子结构预测的常规做法。然而盲目采样效率低且成本高，产生大量冗余构象且多样性有限，额外计算往往带来微小改进。本文提出 HelixFold-S1，一种受导向规划的方法，战略性地针对构象空间中最具信息性的区域生成精确构象。对于每个生物分子，预测的链间接触概率作为构象空间的蓝图，引导计算资源聚焦于高概率、低冗余的接触，从而约束结构生成。在多样化的生物分子基准测试上，HelixFold-S1 相较于传统无导向方法实现显著更高的结构精度，同时将采样需求降低一个数量级。预测的接触概率还提供了预测难度和采样效用的粗略指示。这些结果表明，受导向规划重塑了构象探索，使结构推断更加高效且准确。
关键词
引用
@article{arxiv.2507.09251,
title = {Reshaping Biomolecular Structure Prediction through Strategic Conformational Exploration with HelixFold-S1},
author = {Lihang Liu and Yang Liu and Xianbin Ye and Shanzhuo Zhang and Yuxin Li and Kunrui Zhu and Yang Xue and Xiaonan Zhang and Xiaomin Fang},
journal= {arXiv preprint arXiv:2507.09251},
year = {2025}
}