上游与下游开放阅读框翻译间非单调关系的确定性模型
动力系统
2021-01-01 v1
摘要
TASEP 建模已被证明为以下实验确证现象提供了简洁解释：在综合应激反应中，单个上游开放阅读框 (uORFs) 能够上调下游翻译。如数值模拟所揭示，该模型预测降低某些 uORFs 上游扫描核糖体的密度会增加下游核糖体的流。为深入理解确保上游与下游流之间非单调关系的机制，本文提出一个现象学确定性模型来近似翻译过程的 TASEP 模型。我们确立了该确定性模型存在沿 uORF 密度递减的平稳解。进一步，在 uORF 长度增加和起始泄漏性渐增的极限下，我们找到了平稳解中上游核糖体密度与下游流之间的显式非单调关系。我们对 TASEP 模型的平稳分布、确定性模型的平稳解以及该显式极限进行了数值比较。
引用
@article{arxiv.2012.15269,
title = {A deterministic model for non-monotone relationship between translation of upstream and downstream open reading frames},
author = {D. E. Andreev and P. V. Baranov and A. Milogorodskii and D. Rachinskii},
journal= {arXiv preprint arXiv:2012.15269},
year = {2021}
}