利用空间卷积模型（SCM）对 14-3-3 $\zeta$ 对接蛋白中变构效应的综合分析
生物物理
2021-03-18 v1
摘要
空间卷积模型（SCM）基于对接蛋白弹性介质的空间演化分析变构效应，其中介质在波传播响应中的卷积作为 Z 涨落和主链振动模式的函数被求解。我们表明，尽管弹性介质是复杂的三维结构，变构效应表现得如同沿一条拉伸振荡弦发生，其中沿弦的不均匀性影响负责配体结合和变构波转导的局部熵。为识别沿弦的不均匀性，我们忽略波传播过程中的局部密度和张力变化，并应用分子弦与梁弯曲理论解析螺旋波及物理属性。重要的是，我们表明变构发生在三个主要尺度上，且驻波的传播产生滚动熵，驱动场间的熵转移。将共振能量转换为量子谐振子使我们能够考虑阻尼及与周围介质相互作用的影响，以及建模残基相互作用强度对熵转移的影响。
引用
@article{arxiv.2103.09522,
title = {A Comprehensive Analysis of Allostery in 14-3-3 $\zeta$ Docking Proteins using the Spatial Convolution Model (SCM)},
author = {Leroy K. Davis},
journal= {arXiv preprint arXiv:2103.09522},
year = {2021}
}
备注
17 pages, 22 figures