受简单空间约束的双链DNA的熵弹性
软凝聚态物质
2009-11-11 v3 统计力学
生物大分子
摘要
本文旨在研究晶体学长度L约为10至30倍持久长度A的双链DNA分子在受到空间阻碍时的熵弹性。我们没有尝试通过求解类薛定谔方程来获得单分子配分函数。我们更倾向于采用离散化的蠕虫状链(WLC)模型，并添加一个模拟空间约束的单体势。我们直接从离散化的玻尔兹曼公式推导出连接相邻“有效单体”配分函数的传递矩阵。我们在泛函积分中引入了适当的狄拉克δ函数，以确保单体坐标和切向量是独立变量。然后，配分函数由一个迭代过程给出，该过程在数值上高效且在物理上透明。作为我们离散化方法的测试，我们研究了涉及限制在一对平行板之间的dsDNA分子的两种构型。
引用
@article{arxiv.cond-mat/0501171,
title = {Entropic Elasticity of Double-Strand DNA Subject to Simple Spatial Constraints},
author = {C. Bouchiat},
journal= {arXiv preprint arXiv:cond-mat/0501171},
year = {2009}
}
备注
The most formal developments of Section I have been moved into an appendix and replaced by a direct derivation of the transfer matrix used in the applications. of Section II. Two paragraphs and two figures have been added to clarify the physical interpretation of the results