利用焦磷酸测序估算病毒种群
种群与进化
2015-05-13 v2
摘要
单个受感染宿主内病毒种群的多样性给自然免疫反应以及疫苗设计和抗病毒药物治疗带来了重大困难。最近开发的基于焦磷酸的测序技术（焦磷酸测序）可用于通过对病毒样本进行超深度测序来量化这种多样性。我们提出了分析此类序列数据的计算方法，并将这些技术应用于从携带耐药病毒株的患者体内获得的 HIV 种群的焦磷酸测序数据。我们的主要结果是从焦磷酸测序读段中估算样本的种群结构。这种推断基于一种统计误差校正方法，随后采用一种组合算法构建解释数据的最小单倍型集。利用这组解释性单倍型，我们应用统计模型通过 EM 算法推断种群中单倍型的频率。我们通过广泛的模拟以及与直接从四个独立且多样的 HIV 种群的克隆测序中获得的 165 条序列进行比较，证明了焦磷酸测序读段能够有效地重建种群。因此，焦磷酸测序可用于成本效益高的病毒种群结构估算，有望为病毒进化动力学和疾病控制策略提供新的见解。
引用
@article{arxiv.0707.0114,
title = {Viral population estimation using pyrosequencing},
author = {Nicholas Eriksson and Lior Pachter and Yumi Mitsuya and Soo-Yon Rhee and Chunlin Wang and Baback Gharizadeh and Mostafa Ronaghi and Robert W. Shafer and Niko Beerenwinkel},
journal= {arXiv preprint arXiv:0707.0114},
year = {2015}
}
备注
23 pages, 13 figures