迈向分类学共识：基于大规模rRNA基因分析的多样性与丰度推断
种群与进化
2010-03-29 v1
摘要
种群分析持续具有挑战性但至关重要，它有助于确定微生物群落成员的多样性和功能预测。本文详细介绍了我们用于分析大型微生物群落中种群分布和多样性的生物信息学方法。这是通过以下方式实现的：(i) 一种基于同源性的稳健系统发育型确定方法，其分类准确性与核糖体数据库项目分类器相当，但能提供更优的紧密相关序列关联；(ii) 比较不同的聚类方法以实现更准确的丰度估计。我们使用RDP验证过的16S rRNA基因序列集开发了我们的方法，并通过在一个从土壤微生物群落研究中获得的大约2300条序列的大型16S rRNA基因数据集上进行测试来验证该方法。我们得出结论，基于16S rRNA基因序列信息获取大型微生物群落准确系统发育谱的最佳方法是应用优化的BLAST分类器。该方法辅以使用完全连锁聚类对紧密相关序列进行分组，以计算群落的丰度和均匀度指数。
引用
@article{arxiv.1003.5007,
title = {Towards a Taxonomical Consensus: Diversity and Richness Inference from Large Scale rRNA gene Analysis},
author = {Dimitris Papamichail and Celine C. Lesaulnier and Steven Skiena and Sean R. McCorkle and Bernard Ollivier and Daniel van der Lelie},
journal= {arXiv preprint arXiv:1003.5007},
year = {2010}
}