高多样性但含虚假单例的物种丰富度估计
统计方法学
2016-04-12 v1
摘要
高通量测序的生态样本中不常见分类单元的存在给微生物生态学家、生物信息学家和统计学家带来了挑战。这些分类单元是样本中真实存在还是测序错误的产物，很少能确定。不幸的是，α多样性量化依赖于准确的频率计数，而这很少能得到保证。我们提出了一种物种丰富度估计工具，基于非单例频率计数，同时预测未观测分类单元的数量和真实单例的数量。该方法既可作为推断性的（用于正式估计丰富度），也可作为探索性的（用于评估丰富度估计对单例计数的稳健性）。如果名为 breakaway_nof1 的估计值与其他丰富度估计量相当，则证明丰富度估计对预处理中所采用的质量控制水平（例如嵌合体检查）具有稳健性。函数 breakaway_nof1 可通过 R 包 breakaway 从 CRAN 免费获取。
引用
@article{arxiv.1604.02598,
title = {Species richness estimation with high diversity but spurious singletons},
author = {Amy Willis},
journal= {arXiv preprint arXiv:1604.02598},
year = {2016}
}