从时间序列测序推断病毒种群的克隆结构
种群与进化
2014-07-31 v1
摘要
RNA 病毒种群将经历突变和选择过程，从而形成混合的病毒颗粒种群。随后对病毒种群的高通量测序包含了潜在克隆的混合信号。我们希望识别潜在的进化结构。我们利用两类信息源尝试实现这一目标：片段内连锁信息和突变流行率。我们证明，尽管即使对于完整的信息集，解也可能不唯一，但仍可识别克隆单倍型、其流行率以及最大简约网状进化结构。该方法应用于一条流感感染链，我们推断了包括重配在内的进化结构，并展示了由于 PCR 扩增过程中的模板切换等伪影而导致深度测序在解释上出现的一些困难。
引用
@article{arxiv.1407.7997,
title = {Inferring the Clonal Structure of Viral Populations from Time Series Sequencing},
author = {Donatien Fotso-Chedom and Pablo R. Murcia and Chris D. Greenman},
journal= {arXiv preprint arXiv:1407.7997},
year = {2014}
}
备注
21 pages, 9 figures