使用序列集成进行 MinION 测序数据比对的种子选取
数据结构与算法
2016-06-29 v1 基因组学
摘要
Oxford Nanopore MinION 测序仪是目前可用的最小测序设备。虽然能够产生非常长的读长（已有长达 100~kbp 读长的报道），但其测序错误率高达 30%。由于这些错误大多是插入或缺失，因此很难将针对错误率低得多的数据集进行比对而设计的流行基于种子的算法加以适配。MinION 读长的碱基调用通常使用隐马尔可夫模型完成。在本文中，我们提出用从此类概率模型中采样的序列集成来表示每个测序读长。与为每个读长使用单一代表性碱基调用序列相比，该方法可以提高比对种子选取的敏感性和假阳性率。
引用
@article{arxiv.1606.08719,
title = {Using Sequence Ensembles for Seeding Alignments of MinION Sequencing Data},
author = {Rastislav Rabatin and Broňa Brejová and Tomáš Vinař},
journal= {arXiv preprint arXiv:1606.08719},
year = {2016}
}