DeepNano：用于 MinION 纳米孔读长碱基识别的深度循环神经网络
基因组学
2017-06-29 v1
摘要
动机：Oxford Nanopore 的 MinION 设备是首个便携式测序设备。MinION 能够产生非常长的读长（有报道超过 100 kBp 的读长），但其测序错误率较高。本文中，我们展示通过改进碱基识别过程可降低错误率。结果：我们提出首个用于 Oxford Nanopore 的 MinION 测序平台的开源 DNA 碱基识别器。通过采用精心设计的循环神经网络，我们的工具相比制造商提供的默认碱基识别器提高了碱基识别准确性。这一进展可进一步增强 MinION 在基因组测序和各种临床应用中的适用性。可用性：DeepNano 可在 http://compbio.fmph.uniba.sk/deepnano/ 下载。联系：[email protected]
引用
@article{arxiv.1603.09195,
title = {DeepNano: Deep Recurrent Neural Networks for Base Calling in MinION Nanopore Reads},
author = {Vladimír Boža and Broňa Brejová and Tomáš Vinař},
journal= {arXiv preprint arXiv:1603.09195},
year = {2017}
}