SynDe：基于综合征的原始纳米孔读取解码
信息论
2026-04-02 v1 math.IT
摘要
纳米孔测序技术仍高度依赖于有效纠错以应对 DNA 存储中的高错误率。先前工作使用卷积码，其解码器与 basecaller 耦合，但此类方法仅支持有限数量的编码类别，且解码复杂度显著。为克服这些限制，我们提出两个算法：PrimerSeeker 高效检测原始纳米孔测序读取中的引物序列，而 SynDe 则可在相同的原始读取上运行，支持任何具有低复杂度图表示的线性纠错码。PrimerSeeker 在引物位置估计方面接近现有方法，同时更适合在测序过程中实时检测引物。SynDe 在与卷积码配合使用时表现良好，常可以更低的时间复杂度接近或超越现有算法。值得注意的是，SynDe 生成的置信度分数可可靠地识别应被丢弃的输出。
引用
@article{arxiv.2604.01054,
title = {SynDe: Syndrome-guided Decoding of Raw Nanopore Reads},
author = {Anisha Banerjee and Roman Sokolovskii and Thomas Heinis and Antonia Wachter-Zeh and Eirik Rosnes and Alexandre Graell i Amat},
journal= {arXiv preprint arXiv:2604.01054},
year = {2026}
}
备注
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