边缘设备上的纳米孔碱基识别
机器学习
2020-11-10 v1 基因组学
摘要
我们为纳米孔测序开发了新的碱基识别器DeepNano-coral，其经过优化可在Coral Edge Tensor Processing Unit（一种小型USB接口硬件加速器）上运行。为实现此目标，我们设计了用于语音识别与碱基识别的卷积神经网络中两个关键组件的新版本。在我们的组件中，提出了一种将完整卷积分解为更小操作的新因式分解方法，减少了内存访问操作，而内存访问正是该设备上的瓶颈。DeepNano-coral在测序过程中实现实时碱基识别，准确率略优于Guppy碱基识别器的快速模式，且极为节能，仅消耗10W功率。可用性：https://github.com/fmfi-compbio/coral-basecaller
引用
@article{arxiv.2011.04312,
title = {Nanopore Base Calling on the Edge},
author = {Peter Perešíni and Vladimír Boža and Broňa Brejová and Tomáš Vinař},
journal= {arXiv preprint arXiv:2011.04312},
year = {2020}
}