改进纳米孔读段原始信号比对
定量方法
2017-05-05 v1
摘要
我们研究了动态时间规整（DTW）算法在比对来自MinION测序仪的原始信号数据中的应用。DTW主要用于选择性测序的快速比对，以快速确定读段是否来自目标序列。我们表明，标准DTW用法判别力较低，主要由于准确估计缩放参数存在问题。我们提出了一种DTW算法的简单变体，其不受缩放问题影响，且具有高得多的判别力。
引用
@article{arxiv.1705.01620,
title = {Improving Nanopore Reads Raw Signal Alignment},
author = {Vladimír Boža and Broňa Brejová and Tomáš Vinař},
journal= {arXiv preprint arXiv:1705.01620},
year = {2017}
}