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解离疏水性对蛋白质序列与结构的影响

生物大分子 2007-05-23 v1

摘要

我们将一组具代表性蛋白质的溶剂可及性与疏水性分布的傅里叶变换拟合为一个联合多变量高斯分布。这使我们能够将序列与结构分布的内在趋势,同使它们相关的相互作用分离开来;例如,序列疏水性中的 α\alpha-螺旋周期性是由结构的溶剂可及性所决定的。序列与结构分布各自不同的内在趋势在长周期上最为显著,此时序列疏水性涨落更大,而溶剂可及性涨落小于平均。有趣的是,两种分布之间的相关性可解释为室温下溶剂化能的玻尔兹曼权重。

关键词

引用

@article{arxiv.q-bio/0406019,
  title  = {Untangling influences of hydrophobicity on protein sequences and structures},
  author = {Mehdi Yahyanejad and Christopher B. Burge and Mehran Kardar},
  journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0406019},
  year   = {2007}
}

备注

4 pages, 3 figures, 7 eps files