固定拓扑亏格 RNA-RNA 相互作用结构的均匀生成
组合数学
2014-04-15 v2 生物大分子
摘要
通过双细胞映射（bicellular maps）及其拓扑亏格过滤来研究相互作用的 RNA 复合物。我们的主要结果是建立了 RNA-RNA 相互作用结构的新双射，以及针对固定拓扑亏格 RNA 复合物的线性时间均匀采样算法。该双射允许直接降低双细胞映射的拓扑亏格，或通过将复合物分解为一对单链 RNA 结构而失去连通性。我们的主要结果通过双射法得到证明。它提供了一种如何重连相应复合物的显式算法以及一个无歧义的分解文法。利用亏格归纳的概念，我们以线性时间均匀地构造了固定拓扑亏格 的双细胞映射。我们展示了这些拓扑 RNA 复合物的各种统计数据，并将我们的发现与生物复合物进行了比较。此外，我们还展示了如何利用我们的分解文法构造基于环能量（loop-energy）的复合物。
引用
@article{arxiv.1311.0684,
title = {Uniform generation of RNA-RNA interaction structures of fixed topological genus},
author = {Benjamin Mingming Fu and Hillary Siwei Han and Christian M. Reidys},
journal= {arXiv preprint arXiv:1311.0684},
year = {2014}
}