基于亏格过滤的RNA假结结构均匀生成
计算工程、金融与科学
2013-04-30 v1 组合数学
生物大分子
摘要
本文提出了一种针对固定拓扑亏格的RNA结构的采样框架。我们引入了一种新颖的线性时间均匀采样算法，用于任意的固定拓扑亏格的RNA结构。此外，我们还开发了一种线性时间采样算法，用于由简化的基于环的能量函数加权的固定拓扑亏格的RNA结构。在此过程中，需要计算一次能量函数的配分函数，其时间复杂度为。
引用
@article{arxiv.1304.7397,
title = {Uniform generation of RNA pseudoknot structures with genus filtration},
author = {Fenix W. D. Huang and Markus E. Nebel and Christian M. Reidys},
journal= {arXiv preprint arXiv:1304.7397},
year = {2013}
}
备注
11 figures, 25 pages