通过受控分子动力学研究视黄酸与其受体的解离
生物物理
2009-10-31 v1 计算物理
q-bio
摘要
视黄酸受体（RAR）是一种配体依赖性转录因子，调控参与细胞生长、分化和发育的基因表达。视黄酸激素与RAR的结合伴随着蛋白质的构象变化，从而诱导靶基因的反式激活或反式抑制。本文通过研究激素的结合/解离过程，以阐明某些氨基酸接触的作用，并识别全反式视黄酸与人视黄酸受体（hRAR）-g结合/解离的可能路径。使用受控分子动力学模拟探索了三条可能的路径。通过对外部施加力，在1纳秒的时间尺度上诱导解离。模拟表明，激素可能采用一条路径进行结合，而采用另一条替代的“后门”路径进行解离。
引用
@article{arxiv.physics/9903050,
title = {Unbinding of Retinoic Acid from its Receptor Studied by Steered Molecular Dynamics},
author = {Dorina Kosztin and Sergei Izrailev and Klaus Schulten},
journal= {arXiv preprint arXiv:physics/9903050},
year = {2009}
}
备注
10 pages, PDF file