DNA 结合蛋白替换的随机棘轮机制
生物大分子
2015-06-19 v1 软凝聚态物质
生物物理
摘要
实验表明，蛋白质从 DNA 上的解离速率可能取决于附近溶液中蛋白质的浓度。在此，我们提出了一种关于溶液相蛋白质多步替换 DNA 结合蛋白的理论。针对四种不同的动力学场景，我们计算了蛋白质解离和替换速率对溶液蛋白浓度的依赖性。我们发现：(1) 溶液相蛋白质逐步‘重新拉链’到由原结合蛋白‘解拉链’所释放的 DNA 位点上，产生了显著效应；(2) 一个溶液相蛋白质非特异性结合 DNA 的模型可以描述 Fis-Fis 和 Fis-HU 非特异性 DNA 结合蛋白之间交换的实验结果；(3) 一个特异性结合模型描述了 CueR 蛋白在特异性结合位点上交换的实验结果。
引用
@article{arxiv.1405.6673,
title = {Stochastic Ratchet Mechanisms for Replacement of Proteins Bound to DNA},
author = {Simona Cocco and John F. Marko and Remi Monasson},
journal= {arXiv preprint arXiv:1405.6673},
year = {2015}
}
备注
\`a paraitre en PHys. Rev. Lett. june 2014