DNA-蛋白质相互作用的动力学模型：蛋白质电荷分布和力学性质的影响
生物物理
2009-10-29 v1
摘要
我们最近提出的用于研究非特异性DNA-蛋白质相互作用的基于珠子和弹簧的力学模型[J. Chem. Phys. 130, 015103 (2009)]得到了改进，将蛋白质描述为相互连接的珠子集合，而不是单个珠子。在本文中，我们首先将更新模型获得的结果与原始模型的结果进行比较，然后利用它来研究DNA采样动力学的几个方面，这些方面是原始模型无法解释的。这些方面包括蛋白质电荷分布的规则性和/或随机性、搜索位点的电荷和位置以及蛋白质的形状和可变形性对DNA采样速度的影响。我们还讨论了促进扩散的效率，即沿DNA的一维滑动和细胞内的三维扩散相结合，在多大程度上可以比蛋白质的纯三维扩散实现更快的采样。
引用
@article{arxiv.0908.1623,
title = {Dynamical model of DNA-protein interaction: effect of protein charge distribution and mechanical properties},
author = {Ana-Maria Florescu and Marc Joyeux},
journal= {arXiv preprint arXiv:0908.1623},
year = {2009}
}
备注
accepted in JCP