DNA-蛋白质相互作用与促进扩散的动力学模型和动力学模型比较
生物物理
2010-09-27 v1
摘要
长期以来，人们一直声称像转录因子这样的蛋白质可以通过促进扩散（即一维滑动和三维扩散的结合）以超过三维扩散极限几个数量级的速率定位DNA序列上的靶点。这一说法多年来得到了几个质量作用动力学模型的支持，而我们最近提出的动力学模型（J. Chem. Phys. 130, 015103 (2009)）表明，由于促进扩散导致的靶向加速不可能很大。为了解决这一明显矛盾，我们进行了额外的模拟，将我们的模型结果与Klenin等人（Phys. Rev. Letters 96, 018104 (2006)）的动力学模型结果进行比较。我们在本文中表明，这两个模型实际上相互支持，并一致预测促进扩散的效率较低。将这些结果外推到真实系统甚至表明，与三维扩散相比，促进扩散必然减慢靶向过程。
引用
@article{arxiv.1004.2832,
title = {Comparison of kinetic and dynamical models of DNA-protein interaction and facilitated diffusion},
author = {Ana-Maria Florescu and Marc Joyeux},
journal= {arXiv preprint arXiv:1004.2832},
year = {2010}
}