两种用于相对量化蛋白质中配体结合位点埋藏深度的互补方法：“切割平面”与“切向球”法
生物大分子
2015-05-06 v1
摘要
我们描述了两种互补的方法，用于量化蛋白质-配体复合物中配体和/或配体结合位点（LBS）的埋藏程度，即“切割平面”（CP）和“切向球”（TS）法。构建CP和TS需要两个质心：蛋白质分子质心（全局质心，GC）和LBS质心（局部质心，LC）。CP定义为通过LBS质心（LC）且垂直于穿过LC与蛋白质分子质心（GC）连线的平面。“前侧”指不包含GC的一侧（而“后侧”包含GC）。TS定义为以GC为球心并在LC处与CP相切的球体。蛋白质原子位于（a.）TS内部和（b.）CP前侧的百分比，是配体或LBS埋藏深度的两个互补度量，因为后者与（b.）成正比，与（a.）成反比。我们使用67个特征明确的蛋白质-配体结构（Laskowski等人，1996）的测试集，以及一个理论案例——即整体呈球形、由立方点阵网格点构成且可指定任意深度LBS的人工蛋白质，对CP和TS方法进行了测试。CP和TS方法的结果与Laskowski等人报道的数据非常吻合，理论案例的结果进一步证实这两种方法均适合作为配体或LBS埋藏的度量。在本研究之前，尚无此类LBS埋藏的数值度量，因此无法直接客观地比较不同蛋白质中的LBS深度。LBS埋藏深度是一个重要参数，因为它通常直接与蛋白质在配体结合时发生的构象变化量相关，而量化它的能力可实现蛋白质动力学与柔性的有意义比较。
引用
@article{arxiv.1505.01142,
title = {Two Complementary Methods for Relative Quantification of Ligand Binding Site Burial Depth in Proteins: The "Cutting Plane" and "Tangent Sphere" Methods},
author = {Vicente M. Reyes},
journal= {arXiv preprint arXiv:1505.01142},
year = {2015}
}
备注
11 pages text; 7 figures (all multi-panel); 3 tables; 34 total pages (incl. figures & tables)