受体蛋白中配体结合位点深度的尺寸无关量化

我们开发了一个网络服务器，实现了两种互补的方法来量化蛋白-配体复合物中配体结合位点（LBS）的深度："割平面"（SP）和"切球"（TS）方法。首先确定蛋白质分子质心（全局质心，GC）和 LBS 质心（局部质心，LC）。SP 是通过 LC 且垂直于穿过 LC 和 GC 的直线的平面。SP 的"外侧"是与 GC 相对的一侧。TS 是以 GC 为中心并在 LC 处与 SP 相切的球。蛋白质原子在 TS 内部（TS 指数）和 SP 外侧（SP 指数）的百分比是 LBS 深度的互补度量。SPi 与 LBS 深度成正比，而 TSi 成反比。我们使用一组 67 个特征明确的蛋白-配体结构（Laskowski 等，1996）以及一个人造蛋白质（其整体形状为球体点网格，其中可指定任意深度的 LBS）测试了这两种方法。SP 和 TS 方法的结果与报道的数据（同上）吻合良好，并且人造情况的结果证实两种方法都是合适的 LBS 深度度量。该网络服务器有两种模式。在"配体模式"下，用户输入蛋白质 PDB 坐标以及配体坐标。"LBS 模式"与前者相同，不同之处在于假设配体坐标不可用；因此用户输入他/她认为的 LBS 氨基酸残基坐标。在这两种情况下，网络服务器都输出 SP 和 TS 指数。LBS 深度通常与蛋白质在配体结合时发生的构象变化量直接相关——量化它的能力可以实现对蛋白质灵活性和动力学的有意义比较。我们的网络服务器的 URL 将在适当时候公开发布。