利用数据库管理系统进行原子分辨率下的局部蛋白质结构相似性搜索
生物大分子
2007-12-28 v1
摘要
本文提出了一种在原子分辨率下搜索蛋白质局部结构相似性的方法。研究表明，通过对几何数据进行适当索引，利用传统的关系型数据库管理系统，可以在合理的 CPU 时间内处理海量结构数据。这种方法（我们称之为几何索引）能够在普通台式计算机上数小时的 CPU 时间内，从超过 160,000 个候选者中枚举出与查询蛋白子结构在结构上相似的配体结合位点。在通过几何索引搜索检测到一组高分配体结合位点后，通过迭代应用匈牙利算法构建原子分辨率的结构比对，并基于伽马分布的经验模型估计最终得分的统计显著性。将该方法应用于多种蛋白质结构清楚地表明，可以在非同源以及同源蛋白质的局部结构之间检测到显著的相似性。
引用
@article{arxiv.0711.1012,
title = {Similarity search for local protein structures at atomic resolution by exploiting a database management system},
author = {Akira R. Kinjo and Haruki Nakamura},
journal= {arXiv preprint arXiv:0711.1012},
year = {2007}
}
评论
29 pages, 8 figures, 3 tables