一种面向远缘同源蛋白质相似性搜索的空间高效方法
计算工程、金融与科学
2015-08-27 v1 定量方法
摘要
蛋白质相似性搜索是分子生物学家的常规工作，需要将氨基酸查询序列与不断增长的蛋白质数据库进行比较和排序。该领域所有可用的算法可分为两类：要么通过动态规划进行序列比对来解决问题，要么采用特定的启发式度量进行初步筛选，随后对最匹配的候选序列应用最优序列比对算法。虽然前一种方法需要大量的时间和空间，后一种方法可能会遗漏一些与查询序列远缘相关的蛋白质序列。在本文中，我们提出了一种启发式成对序列比对算法，可有效地用于中等规模数据库的蛋白质数据库搜索。该算法速度足够快，适用于短查询序列的数据库搜索，具有恒定的辅助空间需求，能产生良好的比对，且具有足够的灵敏度以返回甚至可能具有研究价值的远缘相关蛋白质链。
引用
@article{arxiv.1508.06561,
title = {A Space-Efficient Approach towards Distantly Homologous Protein Similarity Searches},
author = {Akash Nag and Sunil Karforma},
journal= {arXiv preprint arXiv:1508.06561},
year = {2015}
}