使用CABS-dock网络服务器进行结合位点搜索和柔性对接的蛋白质-肽相互作用建模
生物大分子
2016-01-12 v2
摘要
蛋白质-肽相互作用在生物体中发挥基本功能作用，其结构表征是当前实验与理论研究的热点。蛋白质-肽相互作用结构的计算建模通常分为两个阶段：预测蛋白质受体表面的结合位点，然后将肽结构对接(并建模)到已知结合位点中。本文提出了一种全面的CABS-dock方法，用于同时搜索结合位点和进行柔性蛋白质-肽对接，该方法作为用户友好的网络服务器可用。我们展示了在默认CABS-dock模式及其高级选项下获得的示例结果，高级选项使用户能够增加选定受体片段的灵活性范围或从对接搜索中排除用户选定的结合模式。此外，我们展示了一种通过使用经典分子动力学评估模型质量来改进CABS-dock性能的策略。最后，我们讨论了CABS-dock方法的有前景的扩展与应用，并提供了一个便于分析和可视化CABS-dock结果的教程附录。CABS-dock网络服务器可在 http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock/ 免费获取。
引用
@article{arxiv.1505.01138,
title = {Modeling of protein-peptide interactions using the CABS-dock web server for binding site search and flexible docking},
author = {Maciej Blaszczyk and Mateusz Kurcinski and Maksim Kouza and Lukasz Wieteska and Aleksander Debinski and Andrzej Kolinski and Sebastian Kmiecik},
journal= {arXiv preprint arXiv:1505.01138},
year = {2016}
}
备注
Published in Methods journal, available online 10 July 2015