使用 HADDOCK3 对蛋白-糖类相互作用进行整合建模

糖类是结构多样且具有柔动性的生物分子，在许多生物过程中发挥着关键作用。其构象可变性使得对其与蛋白相互作用的建模尤为具有挑战性。本章节介绍了使用 HADDOCK3 对蛋白-糖类相互作用进行建模的逐步协议。HADDOCK3 是一种支持包含实验或预测相互作用约束，并允许对解决方案进行灵活精炼的整合建模平台。该工作流程采用已知参考结构的 X-ray 结构数据， Illustrated 使用线性同聚合物糖类 4-beta-葡萄糖苷与来自Humicola grisea Cel12A酶的催化域之间的相互作用。提供了输入结构准备、约束定义、对接设置、执行以及结果分析的详细说明。从未解离结构应用该协议可获得结构质量处于可接受到中等水平的模型，界面-配体RMSD值小于3 Å。虽然以特定系统为例示范，但该协议已针对多个蛋白-糖类复合物进行优化和基准测试，具有广泛适用性，为蛋白-糖类相互作用的整合建模提供了框架。