无需结合位点先验知识的蛋白质多肽柔性对接 CABS-dock 网络服务器
生物大分子
2015-07-08 v1
摘要
蛋白质-多肽相互作用在细胞功能中起着关键作用。其结构表征虽然具有挑战性，但对于新药的发现非常重要。CABS-dock 网络服务器提供了一个界面，利用高效的多肽与蛋白质柔性对接协议来模拟蛋白质-多肽相互作用。其他对接算法需要预先定义结合位点的位置，而 CABS-dock 不需要此类知识。给定蛋白质受体结构和多肽序列（并从多肽的随机构象和位置开始），CABS-dock 执行结合位点的模拟搜索，允许多肽完全柔性以及受体骨架的小幅波动。该协议在迄今可用的最大规模的非冗余蛋白质-多肽相互作用数据集（包括结合和非结合对接案例）上进行了广泛测试。对于超过 80% 的结合和非结合数据集案例，我们获得了具有高或中等准确率的模型（足以用于实际应用）。此外，作为可选功能，CABS-dock 可以从对接搜索中排除用户选定的结合模式，或提高选定受体片段的柔性水平。CABS-dock 作为网络服务器可在 http://biocomp.chem.uw.edu.pl/CABSdock 免费获取
引用
@article{arxiv.1503.02032,
title = {CABS-dock web server for the flexible docking of peptides to proteins without prior knowledge of the binding site},
author = {Mateusz Kurcinski and Michal Jamroz and Maciej Blaszczyk and Andrzej Kolinski and Sebastian Kmiecik},
journal= {arXiv preprint arXiv:1503.02032},
year = {2015}
}