Potts 类能量地形中的转变路径：一般性质及其在蛋白质序列模型中的应用
定量方法
2023-06-27 v2
摘要
我们利用 Mauri 等人（Phys Rev Lett 130, 158402 (2023)）引入的平均场方法，研究多类别 Potts 构型能量地形中的转变路径。路径在两个固定构型之间插值，或仅在一端锚定。我们刻画了实现探索低能量区域与不过长之间权衡的“良好”转变路径的性质，例如其熵或从地形某区域逃逸的概率。我们揭示了相变的存在，它区分了路径在其锚点间被拉伸的 regime，与路径可更全局地探索能量地形以最小化能量的另一 regime。该相变首先在一个数学上可处理的 Hopfield-Potts 玩具模型上加以说明并详细研究，随后在从蛋白质序列数据推断的能量地形中进行了研究。
引用
@article{arxiv.2304.03128,
title = {Transition paths in Potts-like energy landscapes: general properties and application to protein sequence models},
author = {Eugenio Mauri and Simona Cocco and Rémi Monasson},
journal= {arXiv preprint arXiv:2304.03128},
year = {2023}
}