从共定位数据确定拓扑结构域的鲁棒算法探索
生物物理
2016-01-07 v1 数据分析、统计与概率
基因组学
摘要
理解基因组复杂空间组织的最重要任务之一，是从现有实验数据（特别是基因组共定位(Hi-C)矩阵）中提取关于该空间组织、染色质拓扑结构域的功能与结构的信息。本文提出一种算法，可通过分析共定位矩阵的模块性，揭示聚合物构象的潜在层级结构域结构。我们还在几种模型聚合物结构上测试了该算法：平衡球状、随机分形球状以及规则分形(Peano)构象。我们定义了所谓的簇边界谱，并展示这些谱在平衡与分形构象下表现截然不同，从而为我们提出识别分形聚合物构象的附加判据。
引用
@article{arxiv.1601.01253,
title = {Towards a robust algorithm to determine topological domains from colocalization data},
author = {Alexander P. Moscalets and Leonid I. Nazarov and Mikhail V. Tamm},
journal= {arXiv preprint arXiv:1601.01253},
year = {2016}
}