染色质拓扑结构域的多尺度识别
定量方法
2013-07-31 v1 基因组学
摘要
近期的染色体构象捕获实验发现了致密、连续且大小为兆碱基对的拓扑结构域，这些结构域在不同细胞类型间相似并在物种间保守。这些结构域与多种染色质标记物高度相关，并已被纳入多项分析中。然而，功能相关的结构域可能存在于多个长度尺度上。我们引入了一种新颖且高效的算法，通过调整单一尺度参数，能够捕捉不同分辨率下的持久性结构域。所识别出的新型结构域与此前报道的结构域显著不同，并且在边界处高度富集绝缘因子 CTCF 结合及组蛋白修饰。
引用
@article{arxiv.1307.7862,
title = {Multiscale Identification of Topological Domains in Chromatin},
author = {Darya Filippova and Rob Patro and Geet Duggal and Carl Kingsford},
journal= {arXiv preprint arXiv:1307.7862},
year = {2013}
}
备注
Peer-reviewed and presented as part of the 13th Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI2013)