利用生物信息学数据和聚合物模型预测哺乳动物基因组顺式调控区域的三维折叠
定量方法
2016-01-13 v1 生物物理
基因组学
摘要
染色体的三维组织可以通过 Capture-C 等方法进行探测。然而，此类群体水平数据如何与单个细胞内的组织相关联仍不清楚，且导致所观察相互作用的机制在很大程度上仍是模糊的。我们提出了一种聚合物建模方案，其基于染色体结构由形成染色质环的蛋白质桥维持的假设。为检验该模型，我们进行了 FISH 实验并与 Capture-C 数据进行比较。仅从蛋白质结合位点的位置出发，我们的模型准确预测了实验观察到的染色质相互作用，揭示了一组三维构象。
引用
@article{arxiv.1601.02822,
title = {Predicting the three-dimensional folding of cis-regulatory regions in mammalian genomes using bioinformatic data and polymer models},
author = {Chris A Brackley and Jill M Brown and Dominic Waithe and Christian Babbs and James Davies and Jim R Hughes and Veronica J Buckle and Davide Marenduzzo},
journal= {arXiv preprint arXiv:1601.02822},
year = {2016}
}