中文

系统发育不变量的环面理想

种群与进化 2007-05-23 v1 交换代数

摘要

进化的统计模型是系统发育树叶子着色上联合概率分布空间中的代数簇。模型的系统发育不变量是在该簇上为零的多项式。几种广泛使用的生物序列模型具有可通过阿贝尔群的傅里叶变换对角化的转移矩阵。它们的系统发育不变量在傅里叶坐标中形成环面理想。我们确定了这些环面理想的生成元与Gröbner基。对于二叉树上的Jukes-Cantor与Kimura模型,我们的Gröbner基由某些显式构造的次数至多为四的多项式组成。

关键词

引用

@article{arxiv.q-bio/0402015,
  title  = {Toric ideals of phylogenetic invariants},
  author = {Bernd Sturmfels and Seth Sullivant},
  journal= {arXiv preprint arXiv:q-bio/0402015},
  year   = {2007}
}

备注

28 pages, 3 figures