MESSI 生物系统的结构

我们引入了一种称为 MESSI 系统的生物系统通用框架，其描述酶-底物型修饰或带中间体的交换（Modifications of type Enzyme-Substrate or Swap with Intermediates），并基于网络结构证明了一般性结果。许多翻译后修饰网络是 MESSI 系统。例如：[Feliu and Wiuf (2012a)] 中的基序、顺序分布式与过程式多位点磷酸化网络、[Angeli et al. (2007)] 中的大多数例子、磷酸化级联、[Kothamachu et al. (2015)] 中的双组分系统、[Shinar and Feinberg (2010)] 中的细菌 EnvZ/OmpR 网络，以及所有线性网络。我们表明，在质量作用动力学下，MESSI 系统是守恒的。我们通过显式消除中间复合物简化了这些系统稳态的研究，并给出了确保稳态簇显式有理参数化的条件（受 [Feliu and Wiuf (2013a, 2013b), Thomson and Gunawardena (2009)] 启发）。我们定义了具有环面稳态的 MESSI 系统的一个重要子类 [Pérez Millán et al. (2012)]，并针对具有环面稳态的 MESSI 系统给出了一个简单算法以确定多稳态能力。在此情形下，该算法基于有向拟阵理论提供发生多稳态的速率常数。