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多裂叉排序树状空间:枚举、格结构与马尔可夫链

概率论 2025-06-13 v1 组合数学 种群与进化

摘要

二裂果树模型用于从分子数据中推断演化参数。然而,在许多情况下,二裂果树并不准确反映样本的真实潜在祖先历史,这时需要采用多裂叉树。多裂叉树空间(节点可拥有超过两个后代)在 coalescent 推断语境中仍较为未探索。本文考察了根植、排序且无标签的多裂叉树空间。我们递归枚举该空间,并构建一种偏序结构以在多裂叉排序树状空间上诱导出格结构。这种格结构天然地用于定义在多裂叉排序树状空间上的马尔可夫链。最后,我们证明了两种在该格上定义的马尔可夫链混合时间的理论上界,并呈现了模拟结果,比较各种 coalescent 模型下树及树统计量的分布与该树空间均匀分布。

关键词

引用

@article{arxiv.2506.10856,
  title  = {The space of multifurcating ranked tree shapes: enumeration, lattice structure, and Markov chains},
  author = {Julie Zhang and Noah A. Rosenberg and Julia A. Palacios},
  journal= {arXiv preprint arXiv:2506.10856},
  year   = {2025}
}

备注

42 pages, 17 figures