用于检测 DNA 拷贝数变异的筛选与排序算法
应用统计
2012-10-02 v1
摘要
DNA 拷贝数变异 (CNV) 最近作为可能影响表型差异的遗传变异来源而引起了相当大的关注。许多统计和计算方法已被提出并应用于基于基因组分析平台生成的数据来检测 CNV。然而，大多数算法计算密集，复杂度至少为 ，其中 是实验中的探针数量。此外，这些现有方法的理论性质尚未被充分理解。对于超高通量数据，一种更快且特征更明确的算法是令人向往的。在本研究中，我们提出了筛选与排序算法 (SaRa)，该算法能够快速准确地检测 CNV，复杂度低至 O(n)。此外，我们刻画了该算法的理论性质并展示了数值分析结果。
引用
@article{arxiv.1210.0345,
title = {The screening and ranking algorithm to detect DNA copy number variations},
author = {Yue S. Niu and Heping Zhang},
journal= {arXiv preprint arXiv:1210.0345},
year = {2012}
}
备注
Published in at http://dx.doi.org/10.1214/12-AOAS539 the Annals of Applied Statistics (http://www.imstat.org/aoas/) by the Institute of Mathematical Statistics (http://www.imstat.org)