公共卫生与环境监测开放数据模型 (PHES-ODM) 第三版：用于粪废监测的开放关系数据模型与互操作性框架
数据库
2026-04-22 v1
摘要
粪废监测 (WWS) 已成为公共卫生监测的重要工具，尤其值得关注的是自新冠疫情以来。然而，其长期效用受制于数据系统碎片化、元数据实践不一致以及差异化互操作性。公共卫生与环境监测开放数据模型 (PHES-ODM) 作为一种开放、合作性框架，旨在标准化 WWS 数据并支持遵循 FAIR 原则的透明、伦理数据使用。该模型已被采纳于加拿大公共卫生局，并被欧盟「粪水哨兵系统」所采用，现已在全球 25 个国家使用。本文介绍该模型的第三版，旨在解决持续的互操作性障碍和数据效用问题。关键增强包括新增公共卫生行动表格、外部存储库关联（如 GISAID、GenBank），以及分析工作流程文档，支持跨场所、样本、测量值和人群的复杂关系链。还引入了用于映射其他数据格式（包括 PHA4GE 和美国 CDC 国家粪废监测系统）的工具，以及支持长宽格式数据。我们对比了 PHES-ODM 与六种其他 WWS 数据标准在 25 项功能上的差异。在兼顾鲁棒性与可用性方面，PHES-ODM v3 提供了可扩展、模块化的基础设施，可适用于多样化的 WWS 和环境监测项目。
引用
@article{arxiv.2604.18762,
title = {The Public Health and Environmental Surveillance Open Data Model (PHES-ODM) Version 3: An Open, Relational Data Model and Interoperability Framework for Wastewater Surveillance},
author = {Mathew Thomson and Jean-David Therrien and Nikho Hizon and Janet Lin and Martin Wellman and Eugen-Sorin Sion and Carol Bennett and Peter Van Rolleghem and Douglas Manuel},
journal= {arXiv preprint arXiv:2604.18762},
year = {2026}
}
备注
24 pages, 11 figures. Currently in peer review with the MDPI journal Microorganisms