创建传染病流行病学的学科专用共享公地
软件工程
2023-11-14 v1 人工智能
摘要
目的：创建一个传染病（ID）流行病学的公地（commons），使流行病学家、公共卫生官员、数据生产者和软件开发者不仅能共享数据与软件，还能获得提升其互操作性的协助。材料与方法：我们用OWL 2表示586个数据集、54个软件和24种数据格式，随后使用逻辑查询推断潜在可互操作的软件与数据集组合，以及关于该集合FAIRness的统计数据。我们用DATS 2.2和自行设计的软件元数据模式表示这些对象。我们以这些表示为基础构建了构成MIDAS数字公地的内容、搜索、FAIR-o-meter和工作流页面。结果：互操作性受限于软件输入输出格式缺乏标准化。当格式存在时，其为人类可读规范（22/24；92%）；仅3种格式（13%）具有机器可读规范。尽管如此，基于命名数据格式对三元存储库进行逻辑搜索，能够识别出数十种潜在可互操作的软件与数据集组合。讨论：我们提升了一部分软件和数据集的可查找性与可获取性，并开发了评估互操作性的指标。互操作性障碍包括软件输入/输出格式文档欠缺，以及该领域对大多数数据类型标准化关注不足。结论：在公地内集中并形式化表示数字对象可促进FAIRness，使其能够随时间度量，并识别潜在可互操作的数据与软件组合。
引用
@article{arxiv.2311.06989,
title = {Creating a Discipline-specific Commons for Infectious Disease Epidemiology},
author = {Michael M. Wagner and William Hogan and John Levander and Adam Darr and Matt Diller and Max Sibilla and Alexander T. Loiacono. Terence Sperringer, and Shawn T. Brown},
journal= {arXiv preprint arXiv:2311.06989},
year = {2023}
}
备注
12 pages, 6 figures