StochKit-FF：多核架构上的高效系统生物学
计算工程、金融与科学
2010-07-13 v1 定量方法
摘要
生物系统的随机建模是一种信息丰富、在某些情况下非常合适的技术，然而它可能比其他建模方法（如微分方程）计算成本更高。我们提出了StochKit-FF，它是随机模拟参考工具包StochKit的并行版本。StochKit-FF基于多核编程工具包FastFlow，并利用了选择性内存这一新颖概念。我们在一个HIV感染动力学模型上实验了StochKit-FF，旨在从高效运行的实验中提取信息，这里以平均值和方差的形式，长期目标则是提取更结构化的数据。
引用
@article{arxiv.1007.1768,
title = {StochKit-FF: Efficient Systems Biology on Multicore Architectures},
author = {Marco Aldinucci and Andrea Bracciali and Pietro Liò and Anil Sorathiya and Massimo Torquati},
journal= {arXiv preprint arXiv:1007.1768},
year = {2010}
}
备注
14 pages + cover page