更快的 DiSH：一种离散细胞信号网络模拟器的硬件实现
分子网络
2018-11-20 v1 新兴技术
摘要
开发快速方法以利用细胞信号的计算模型进行计算机模拟实验，是推动个性化医疗发展的一种有前景的途径。然而，基于软件的细胞网络模拟运行时间受困于浪费的 CPU 周期和不必要的进程。基于硬件的模拟可大幅加速，但先前基于硬件的生物学模拟尝试在范围上受限，并因随机数生成不佳而存在不准确性。在本工作中，我们提出了若干基于硬件的模拟方案，利用新颖的随机更新索引生成技术，用于细胞网络的基于步长和基于轮次的随机模拟。我们的结果表明，与软件实现相比，在保持模拟精度的同时改善了运行时间。
引用
@article{arxiv.1811.07861,
title = {A Faster DiSH: Hardware Implementation of a Discrete Cell Signaling Network Simulator},
author = {Kevin Gilboy and Khaled Sayed and Niteesh Sundaram and Kara Bocan and Natasa Miskov-Zivanov},
journal= {arXiv preprint arXiv:1811.07861},
year = {2018}
}