sourceR：异质人群中传染源的分类与溯源归因

人畜共患病是导致人类和动物群体发病及生产力损失的主要原因。确定食源性人畜共患病来源（例如动物宿主或食品）对于识别和优先考虑食品安全干预措施至关重要。对于许多人畜共患病，由于缺乏关于病例的流行病学信息，很难将人类病例归因于感染源。然而，微生物菌株分型允许对人畜共患病病原体进行分类，并且通过比较各来源和人类病例中菌株类型的相对频率，可以对每次感染的可能来源进行推断。我们介绍了 sourceR，一个用于定量来源归因（针对食源性疾病）的 R 包。它实现了一个完全联合的贝叶斯模型，使用来自人类病例和来源样本的菌株分型监测数据，能够识别重要的感染源。该模型测量来自每个来源的感染力，允许病原体菌株的存活率、致病性和毒力存在差异，并允许各来源作为感染载体的能力存在差异。使用贝叶斯非参数（Dirichlet 过程）方法根据流行病学行为对病原体菌株类型进行聚类，避免了模型过拟合并允许检测与潜在高“毒力”相关的菌株类型。sourceR 使用 2005 年至 2008 年间在新西兰收集的 Campylobacter jejuni 分离株数据进行了演示。它使流行病学家和公共卫生决策者能够将人畜共患病感染病例直接归因于假定的感染源。随着 sourceR 的发展，我们打算使其成为食源性疾病归因研究的重要且灵活的资源。