Snowball：宏基因组的菌株感知基因组装
定量方法
2015-10-15 v1 基因组学
摘要
基因组装是鸟枪法宏基因组数据功能分析的重要步骤。然而，菌株感知组装仍是一项具有挑战性的任务，因为当前的组装工具往往无法区分菌株变异，或要求所研究物种的近缘参考基因组可用。我们开发了Snowball，一种用于鸟枪法宏基因组数据的新型无参考、菌株感知基因组装器。它利用感兴趣基因结构域的轮廓隐马尔可夫模型（HMM）来引导组装。我们的组装器基于读段重叠并进行错误校正（同时利用读段质量分数）来执行单个基因结构域的基因组装，从而实现了极低的每碱基错误率。该软件可在用户定义数量的处理器核心上并行运行，能在标准笔记本电脑上运行，并可免费安装于Linux或OS X系统：https://github.com/algbioi/snowball/wiki
引用
@article{arxiv.1510.03923,
title = {Snowball: Strain aware gene assembly of Metagenomes},
author = {I. Gregor and A. Schönhuth and A. C. McHardy},
journal= {arXiv preprint arXiv:1510.03923},
year = {2015}
}
备注
17 pages, 10 Figures, 1 Table